Saat ini UIN Saizu Purwokerto mempunyai 5 Fakultas dengan 21 Program studi dan Pascasarjana dengan 1 doktoral dan 6 magister
1. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam
- Ekonomi Syariah
- Perbankan Syariah
- Manajemen Dakwah
2. Fakultas Syariah
- Hukum Ekonomi Syariah
- Hukum Keluarga Islam
- Hukum Tata Negara
- Perbandingan Madzhab
3. Fakultas Dakwah dan Komunikasi
- Bimbingan dan Konseling Islam
- Komunikasi dan Penyiaran Islam
- Manajemen Dakwah
- Pengembangan Masyarakat Islam
4. Fakultas Tarbiyah Ilmu Keguruan
- Manajemen Pendidikan Islam
- Pendidikan Agama Islam
- Pendidikan Bahasa Arab
- Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyyah
- Pendidikan Islam Anak Usia Dini
- Tadris Bahasa Inggris
- Tadris Matematika
5. Fakultas Ushuluddin Adab dan Humaniora
- Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir
- Sejarah Peradaban Islam
- Studi Agama-Agama
6. Pascasarjana
- Doktor Studi Islam
- Magister Ekonomi Syariah
- Magister Hukum Ekonomi Syariah
- Magister Manajemen Pendidikan Islam
- Magister Pendidikan Agama Islam
- Magister Komunikasi dan Penyiaran Islam
- Magister Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyyah