Institut Agama Islam Negeri Purwokerto menyelenggarakan berbagai program pendidikan meliputi program diploma, sarjana dan pascasarjana. Fakultas Fakultas Syari’ah Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan Fakultas Dakwah Fakultas Ushuluddin, Adab dan Humaniora Pascasarjana
